Στο Τμήμα Ορυκτολογίας και Πετρογραφίας (ΤΟΠ) υπάγονται τα εργαστήρια:
- Εργαστήριο ηλεκτρονικής μικροσκοπίας και μικροανάλυσης.
- Εργαστήριο ακτίνων-Χ (Περιθλασιμετρίας και Φθορισμού ακτίνων-Χ).
- Εργαστήριο Διαφορικης Θερμικής Ανάλυσης.
- Εργαστήριο εξέτασης αργιλικών ορυκτών.
- Εργαστήριο ανίχνευσης και προσδιορισμού του αμιάντου.
- Εργαστήριο φασματοσκοπίας RAMAN.
- Εργαστήριο παρασκευής λεπτών και στιλπνών τομών για οπτική παρατήρηση σε πολωτικό μικροσκόπιο και στο ηλεκτρονικό μικροσκόπιο σάρωσης.